В декабре 1933 года правительствами Франции и СССР, совместно было выдвинуто предложение о договоре о коллективной безопасности и взаимопомощи. Были сделаны предложения присоединиться к договору Финляндии, Чехословакии, Польше, Эстонии, Латвии и Литве. Проект договора получил название «Восточный пакт». Он рассматривался как коллективная гарантия на случай агрессии со стороны фашистской Германии. Но Польша и Румыния отказалась вступать в альянс, США не одобрили идею договора, а Англия выдвинула ряд встречных условий, включая перевооружение Германии. 21 марта 1939 года идея «Восточного пакта» обсуждалась снова.

В марте 1939 года СССР вел переговоры с Англией и Францией, понимая реальную опасность надвигавшейся войны[26] В качестве основы для переговоров СССР предложил меры для совместного предотвращения итало-немецкой агрессии против европейских стран и выдвинул 17 апреля 1939 г. следующие положения, обязывавшие (СССР, Англию и Францию): оказывать всяческую, в том числе и военную, помощь восточноевропейским странам, расположенным между Балтийским и Черным морями и граничащим с Советским Союзом; заключить сроком на 5−10 лет соглашение о взаимопомощи, включая и военную, в случае агрессии в Европе против любого из договаривавшихся государств (СССР, Англию и Францию)[27].

Причина провала «Восточного пакта» была в различных интересах договаривающихся сторон, англо-французские миссии получили от своих генеральных штабов подробные секретные инструкции, в которых определялись цели и характер переговоров: в записке французского генерального штаба говорилось, что вместе с рядом политических выгод, которые получили бы Англия и Франция в связи с присоединением СССР, оно «вовлекло бы СССР в конфликт; не в наших интересах, чтобы он оставался вне конфликта, сохраняя нетронутыми свои силы»[28]. В проекте договора, предлагавшегося СССР, присутствовало понятие «косвенной агрессии», предполагавшее право СССР ввести войска в пограничные государства, если он сочтёт, что их политика направлена против СССР. Это было расценено в прибалтийских столицах, а также Лондоне и Париже, как намерение оккупировать лимитрофы. Со своей стороны прибалтийские государства категорически отказались от советской «помощи», заявили о своём строжайшем нейтралитете и объявили, что всякие гарантии, данные им без их просьбы, будут рассматривать как акт агрессии. По мнению Черчилля, «Препятствием к заключению такого соглашения (с СССР) служил ужас, который эти самые пограничные государства испытывали перед советской помощью в виде советских армий, которые могли пройти через их территории, чтобы защитить их от немцев и попутно включить в советско-коммунистическую систему. Ведь они были самыми яростными противниками этой системы. Польша, Румыния, Финляндия и три прибалтийских государства не знали, чего они больше страшились, — германской агрессии или русского спасения». [1].

Параллельно с переговорами с Англией и Францией, СССР вел также тайные переговоры с Германией. 23 августа 1939 года был заключён Договор о ненападении между Германией и Советским Союзом. Согласно секретному дополнительному протоколу, о разграничении сфер обоюдных интересов в Восточной Европе на случай «территориально-политического переустройства», предусматривалось включение Эстонии, Латвии, Финляндии, Восточной Польши и Бессарабии в сферу интересов СССР.

С началом Второй мировой войны Эстония объявила о своём нейтралитете. Но в ходе военных действий произошёл ряд инцидентов, в которые оказались вовлечены и прибалтийские страны — одним из них стал заход 15 сентября польской подводной лодки «Ожел» в Таллинский порт, где она была интернирована эстонскими властями, которые начали демонтаж её вооружения. Однако 17 сентября экипаж подлодки разоружил охранников и вывел её в море, при этом на борту оставались шесть торпед. Советский Союз заявил, что Эстония нарушила нейтралитет, предоставив убежище и помощь польской подводной лодке.

19 сентября Вячеслав Молотов от лица советского руководства возложил ответственность за это происшествие на Эстонию, заявив, что Балтийскому флоту поставлена задача отыскать подлодку, поскольку она может угрожать советскому судоходству. Это привело к фактическому установлению морской блокады эстонского побережья.

24 сентября по приглашению правительства СССР в Москву прибыл министр иностранных дел Эстонии К. Сельтер. Официальной причиной визита были переговоры по торговому соглашению, включающему и транзит через Эстонию советских грузов в Германию. Однако после обсуждения торгового соглашения Молотов поднял вопрос о польской подводной лодке, заявив, что Эстония отремонтировала и вооружила лодку, тем самым нарушив нейтралитет в пользу Польши, и далее в ультимативной форме потребовал заключения пакта о взаимопомощи, который также «обеспечивал бы Советскому Союзу права иметь на территории Эстонии опорные пункты или базы для флота и авиации». Молотов заявил, что Советскому Союзу для укрепления безопасности необходим выход в Балтийское море: «Если Вы не пожелаете заключить с нами пакт о взаимопомощи, то нам придется использовать для гарантирования своей безопасности другие пути, может быть, более крутые» [2].

25 сентября посол Германии в СССР граф Шуленбург был вызван в Кремль, где Сталин сообщил ему, что «Советский Союз немедленно возьмётся за решение проблемы прибалтийских государств в соответствии с протоколом от 23 августа» [29].

Тем временем на советской границе с Эстонией и Латвией создавалась советская военная группировка, в которую вошли силы 8-й армии (Кингисеппское направление, Ленинградский ВО), 7 армии (Псковское направление, Калининский ВО) и 3-й армии (Белорусский фронт).

В условиях, когда Латвия и Финляндия отказались оказать Эстонии поддержку, Англия и Франция (находившиеся в состоянии войны с Германией) не в состоянии были её оказать, а Германия рекомендовала принять советское предложение, эстонское правительство пошло на переговоры в Москве, в результате которых 28 сентября был заключён Пакт о взаимопомощи, предусматривающий размещение на территории Эстонии советских военных баз и 25-тысячного советского контингента [30].

В 1940 году были введены дополнительные контингенты советских войск. На территории Эстонии создавались военные базы СССР, на которых были размещены 25 000 солдат. 10 июня на советских базах в Эстонии была объявлена боевая готовность. 14 июня была объявлена военная и морская блокада Прибалтики. 14 июня советские самолёты сбили над Финским заливом вылетевший из Таллина самолёт финской авиакомпании.

16 июня, Молотов вручил эстонскому послу ультимативную ноту, в которой требовал немедленного ввода в Эстонию дополнительного контингента советских войск численностью 90 000 человек и смещения правительства, угрожая в противном случае оккупацией Эстонии. Пятс принял ультиматум.

17 июня 1940 г. в Таллин вступили советские войска; одновременно на рейде встали корабли Балтийского флота и был высажен морской десант. Советскими военными властями были запрещены народные сборища, собрания, фотографирование под открытым небом; у населения в течение 24 часов было изъято оружие. 18 июня советник советского посольства Бочкарев назвал имена первых членов нового просоветского правительства Эстонии. Последующими событиями руководил уполномоченный ЦК ВКП(б) по Эстонии А. А. Жданов, прибывший в Таллин 19 июня. 21 июня он продиктовал Пятсу состав нового кабинета во главе с поэтом Йоханнесом Варесом (Барбарусом), придерживавшимся левых взглядов и вскоре вступившим в компартию. Фактически руководство страной осуществлялось посольством СССР. Из Ленинграда в Таллин прибыло НКВД. Начались аресты и депортации граждан Эстонской Республики, в том числе активно настроенных против советского режима.[31][32] [33]. Вслед за тем Жданов распорядился в девятидневный срок провести выборы в Рийгикогу.

Указом Пятса от 5 июля внеочередные выборы в Рийгикогу были назначены на 14 июля 1940 года. По официальным данным в выборах приняло участие 591 030 граждан, или 84,1 % от общего числа избирателей. За кандидатов «Союза трудового народа» (кандидатов других партий не регистрировали [34][35][36]) проголосовало 548 631 человек, или 92,8 % от числа голосовавших. Согласно мнению некоторых россйиских и эстонских историков, выборы прошли с нарушениями действующих законов, в том числе конституции [31][37][38] [33], а результаты были фальсифицированы.[39][40]

11 июля 1940 (еще до формального включения Эстонии в состав СССР) был издан приказ наркома обороны маршала С. К. Тимошенко № 0141, согласно которому к 31 июля 1940 года территория Эстонии должна была быть включена в состав Ленинградского военного округа.

21 июля первая сессия Рийгикогу нового созыва приняла решение об установлении в стране Советской власти и образовании Эстонской Советской Социалистической Республики. 22 июля была принята декларация о вступлении Эстонии в состав СССР. Рийгикогу обратилось с соответствующей просьбой к Верховному Совету СССР. В тот же день президент Константин Пятс подал прошение об освобождении его от полномочий президента, которое было удовлетворено. Полномочия президента, в соответствии с Конституцией, перешли к премьер-министру. 30 июля Пятс был депортирован в Башкирию.[32]

6 августа 1940 года VII сессия Верховного Совета СССР приняла постановление о принятии в состав СССР Эстонской ССР.

Ряд зарубежных историков и политологов, а также некоторые современные российские исследователи [41][42] характеризуют этот процесс как оккупацию и аннексию независимых государств Советским Союзом. Несмотря на вхождение Эстонии в состав Советского Союза, некоторые государства (США, Великобритания, Канада, Австралия, Швейцария, Ирландия, Ватикан и др.) продолжали де-юре признавать Эстонскую Республику в качестве независимого государства, её иностранные представительства существовали в Соединенных Штатах и Великобритании. В начальный период после установления независимости эти дипломатические представительства играли важную роль в восстановлении связей между воссозданной Эстонской Республикой и её союзниками среди стран Запада. Многие историки считают, что эти договоры были приняты в условиях военной угрозы. Согласно официальной российской трактовке ввод советских войск нельзя называть оккупацией, поскольку решение о вхождении прибалтийских стран в состав СССР в 1940 году было оформлено юридически корректно и ввод войск был осуществлен в соответствии с договором между Советским Союзом и Эстонией. Таким образом, утверждать, что был безусловный факт оккупации нельзя. Правильнее обсуждать вопрос об инкорпорации или аннексии территории Эстонии Советским Союзом.[43]

Согласно «Отчёту комиссии по расследованию преступлений против человечности при президенте Эстонии», опубликованному в 2001 году, в течение года до начала войны между Советским Союзом и Германией (22 июня 1941 года) в Эстонии было арестовано около 7000 человек, из которых было казнено по крайней мере 1850, в основном по обвинению в антисоветской деятельности. Были арестованы 800 кадровых офицеров Эстонии [44] — половина состава.[34] Но по данным полученным из НКВД (рассекречены) общее количество арестованных за 6 лет (то есть до 1947 года) было не более 6500 человек, 75 процентов которых были арестованы во время начавшейся уже войны. И приблизительно 1500—2000 человек от общего числа были осуждены на смертную казнь.

Это число казненных (1850 человек) упоминается в пропагандистском немецком материале, изданном при немецкой оккупации — «Zentralstelle zur Erfassung der Verschleppten». В последующих эстонских источниках указывается, что в Эстонии было казнено около 300 человек [45], около 150 человек из них за указанный период — до начала войны.[45] Состав же преступления, осужденных к высшей мере наказания, был в дальнейшем уточнен. По отчету международной комиссии он был различен [46]: антисоветская деятельность, аресты и казни коммунистов в независимой Эстонии, военные преступления в годы Гражданской войны, дезертирство скрывающихся в Эстонии — служивших в рядах Красной Армии, участие в белогвардейских организациях, разведывательная деятельность против СССР до 1940 года.

14 июня 1941 года согласно записке наркома НКГБ Меркулова на поселение в отдалённые районы Советского Союза было выслано 5978 человек и арестовано 3178 [47]. По данным современных исследователей, было направлено на поселения — 6328 человек (а после вычитания потерь в пути — 6284 человека); всего же из Эстонии на поселение и в лагеря военнопленных было выслано 10 016 человек [48][49]

Согласно официальной формулировке, высылка была проведена «в связи с наличием в Литовской, Латвийской и Эстонской ССР значительного количества бывших членов различных контрреволюционных националистических партий, бывших полицейских, жандармов, помещиков, фабрикантов, крупных чиновников бывшего государственного аппарата Литвы, Латвии и Эстонии и других лиц, ведущих подрывную антисоветскую работу и используемых иностранными разведками в шпионских целях».[50] В эстонской историографии высылка расценивается как уничтожение элиты эстонского народа. Посол Эстонии в РФ Тийт Матсулевич: «14 июня 1941 года из нашей страны вывезли более 10 тысяч человек… Эти десять тысяч составляли фактически элиту населения страны, насчитывавшей в ту пору немногим более миллиона жителей» [51]

Как утверждается на сайте эстонского посольства в России, «при депортации мужчины были отделены от женщин и детей: мужчины направлены в тюремные лагеря, а женщины сосланы в отдаленные районы Кировской и Новосибирской областей. Подавляющее большинство мужчин погибли в лагерях. В частности, к весне 1942 г. из 3500 мужчин, направленных в сибирские лагеря, в живых осталось несколько сотен.» [52]

Эстонская армия была переформирована в 22-ой стрелковый корпус (двухдивизионного состава), командующим которым был назначен генерал-майор Густав Йонсон, бывший командующий вооруженными силами Эстонской Республики. (после начала войны репрессирован).